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荐·新技术 |【AI实用工具】智药大脑PharmaMind® V3.0客户端版正式上线!

药物发现领域具有丰富的公开资源,利用人工智能技术从大数据中挖掘重要信息并构建结构化的知识体系,是人工智能技术在药物信息领域中重要的应用场景之一。英飞智药致力于将先进的人工智能和计算模拟技术应用于创新药研发,以数据、专家和技术为核心驱动,打造实用的创新药物研发平台——PharmaMind®。该系统针对实际新药研发中的多种应用场景,开发和整合多个底层AI药物研发模块,能够依据实际业务需求进行多种工作流程适配。


本次上线的PharmaMind®客户端V3.0版本主要集成了基于人工智能技术开发的化学结构图像识别提取系统(MolMiner),用于高效地从相关资料中获取高质量的化学结构信息。非常期待大家的关注与建议!下面介绍目前版本的一些功能。


荐·新技术 |【AI实用工具】智药大脑PharmaMind® V3.0客户端版正式上线!


便捷注册

PharmaMind®目前完全免费使用,大家可以登录英飞官网下载和安装客户端(http://www.iipharma.com.cn),客户端支持Windows和Mac操作系统。在注册成功后,可以通过账户名/密码和手机号/短信验证码两种方式登录,也欢迎企业用户联系我们(service@iipharma.cn)获取企业账户。


快速攫取

创建一个新项目后,随即可点击或拖动pdf文件轻松上传,工具将自动进行检测与识别,如下图所示,上传一个含有429个分子的PDF文档,完成整个识别过程仅约30 s。支持识别过程中对已完成识别的分子进行实时查看。当pdf文档页数较多时,无需等待很久就可以反馈已完成的结果,让整个收集工作高效流畅。


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图1 上传pdf演示


交互修改

我们上传的资料中有时一份文献中可能会出现重复的分子(如相同的反应物、中间体等),或者在药学相关专利中我们仅需要获取有生物活性的分子结构等等,需要使用一些必要的交互功能:


1)友好交互的分子编辑界面—MolMiner在分子编辑页面右侧集成了便捷的分子编辑器,可供使用者对识别结果进行修改或调整等操作,完成修改后可单分子以多形式导出,亦或是保存直至全部分子浏览修改完毕,一键全部导出;在分子编辑页面左侧,MolMiner集成了pdf浏览器的部分功能,我们可以直接单击想要编辑的分子,右侧编辑栏也会直接跳转到选定的分子供使用者进行编辑操作;


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图2 分子编辑器操作展示


2)有些资料中的分子坐标附近可能会有一些噪声(如边框、底色、文本、符号等)影响算法的精度,此时我们可直接在分子编辑页面左侧对原图进行删除操作,也可以进行框选重新检测操作;


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图3 分子矫正操作展示


3)有时候需要对一张图片上的多个分子进行快速识别和分析,不希望他们被单独分开(增加操作的复杂性),我们支持一键多图识别的操作提高关联分子之间的空间耦合性。


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图4 一键识别多分子操作展示


截图识别

除了上传pdf文档中的分子外,当前版本的PharmaMind还增加了截图识别功能。我们可以通过默认或自设快捷键,框选截取感兴趣的分子进行识别,截图识别的分子除了可以导出外,也可以收藏至所预设的项目下,方便之后的查阅与检索。


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图5 截图识别操作展示


以上是MolMiner当前版本的功能。目前在我们严格的测试下,该工具的识别精准度大大优于目前所有的开源OCSR的工具,同时每张图片识别速度大约在50毫秒。当然,MolMiner目前也存在着很多需要继续提高的地方,欢迎广大用户多提宝贵需求与建议。您的需求与建议是我们不断完善MolMiner的动力。


关于智药大脑

PharmaMind® 是集成人工智能和计算模拟设计技术的创新药物研发平台。目前针对实际新药研发中的多种应用场景,开发和整合多个底层计算设计模块,能够依据实际业务需求进行多种工作流程适配,推荐满足用户定制需求的高潜力分子。PharmaMind® 目前已经发布了两个内部用于新药研发的版本。经过实际用户场景的内部打磨,PharmaMind V3.0开始对外发布实用的功能模块。MolMiner是PharmaMind的对外发布的第一个模块,后续会发布更多实用模块在未来的版本中。目前正在部署基于靶标口袋结构的三维分子原位生成模块MolBuilder, 基于AI数据模型结合物理探索口袋中的所有分子解空间,为突破分子骨架限制创造了无限的可能,可专用于First-in-Class新药设计。


关于英飞智药

北京英飞智药科技有限公司(以下简称“英飞智药”), 于 2019 年 6 月正式运营,是一家以创新药物为目标,以人工智能为驱动的初创公司。英飞智药技术源于北京大学团队近 30 年研发技术积累的转化,团队曾于 2015 年发表国内第一篇 AI 药物设计论文,在 AI 制药领域一直处于技术引领者的地位,尤其擅长于First-in-Class药物的源头创新。英飞智药在新药研发中充分利用并持续发展全球领先的 AI 药物发现技术,打造自主知识产权的 AI+新药研发平台——智药大脑TM。智药大脑是集顶级专家人才、一流AI+新药研发平台、前沿药物设计方法一体的药物发现系统。依托于智药大脑平台,英飞智药拥有业界领先的候选药开发成功率,致力于高效批量开发First-in-Class 创新药物品种,同时也为医药企业的新药研发提供先进的技术服务和解决方案。